1.卫生政策研究部
承担卫生和健康领域的战略、规划及具体政策研究、区域大数据挖掘、医疗保险相关研究工作，内设2个研究室。
——卫生管理研究室：主要研究领域包括卫生体系与规划、公共卫生、中医药服务、医院管理与改革、基层卫生、老年护理、长三角一体化、健康产业等。
——卫生经济研究室：主要研究领域包括卫生筹资机制、医疗保障制度改革、公立医院经济运行、药品评估与政策、大数据挖掘等。
2.卫生技术评估研究部
承担卫生和健康领域的技术评估及老年照护评估工作、医学和健康科技创新政策和技术评估。负责“上海市卫生技术评估研究中心”日常业务工作，内设2个研究室。
——卫生技术评估研究室：主要承担医学和健康领域各类技术、公共卫生项目及政策评估研究，适宜卫生技术的遴选和推广等。
——老龄健康评估研究室：主要承担老年健康服务体系建设及监测评估，老年健康服务需求评估，老年慢性病患者体验与疾痛叙事干预评估。
3.医学科技情报研究部
承担医学和健康科技创新相关国际前沿领域信息跟踪、竞争性情报分析研究，开展科研项目查新、文献检索和专利检索竞争分析，开展知识产权信息公共服务。
4.科研管理事务部
承担本市医药卫生科研项目、学科人才建设项目日常组织管理，科研成果管理及知识产权服务等。负责“上海医药卫生技术转移服务平台”日常业务工作。
5.期刊部
承担相关专业期刊和内部刊物的编辑、出版和发行工作，组织编辑出版《上海卫生健康政策研究年度报告》《上海卫生健康状况年度报告》，编译国际最新研究成果，内设4个编辑部。
——《国际心血管病杂志》编辑部、《国际骨科学杂志》编辑部、《国际消化病杂志》编辑部：介绍国内外心血管病学、消化病学、骨科学基础和临床研究的新发展、新动向、新技术和新方法。
——内刊编辑部：编辑发布内部刊物《卫生政策研究进展》《医学信息》《人口信息》。
6.培训部
承担本市卫生系统干部人才教育培训、卫生和健康行业各类管理培训和政策培训。
7.党委办公室
承担单位党务党建、干部管理等工作，负责精神文明创建工作。
8.综合管理办公室
承担单位行政日常事务、后勤保障、网络和信息化等工作。
9.事业发展部
承担单位内部科研和学术管理，负责国际国内学术交流与合作，组织举办学术会议，负责学术委员会日常工作及专家库建设与维护等。
10.人力资源部
承担单位人事管理、薪酬管理、绩效考核及外事管理等工作。
11.财务部
承担单位财务管理相关工作。
